Sinds oktober 2007 bestaat het bestuur van de vereniging Amsterdam Anders uit Jupijn Haffmans, Marieke Eyskoot en Jeroen Vernooij.

Het bestuur is belast met de dagelijkse gang van zaken van de vereniging en het voorbereiden van de ledenvergaderingen. Het zijn vooral de ledenvergaderingen waar leden de mogelijkheid hebben om samen met het bestuur en de fracties actiepunten voor de langere termijn in te brengen. Om activiteiten te organiseren waarin we onze standpunten uitdragen en om contact te houden met andere organisaties wordt het bestuur bijgestaan door een coördinatiegroep.